Zatapianie jest bardzo ważnym etapem obróbki materiału histopatologicznego, warunkującym powodzenie dalszych kroków. Mimo dostępnych na rynku urządzeń automatycznych, nadal największym powodzeniem w pracowniach cieszą się metody manualne, wykorzystujące doświadczenie i odpowiedzialność Techników jako dodatkowy element kontroli jakości procesu. Doświadczony Technik, który samodzielnie pracuje z materiałem podczas zatapiania, często o wiele szybciej zauważa nieprawidłowości wskazujące na potencjalny błąd wewnątrzlaboratoryjny, problem z odczynnikami, czy awarię sprzętu. Pracownicy zgłaszają podejrzenie nieprawidłowości zwracając uwagę na „ gumowy materiał”, „kruche/ suche bioptaty” czy „twarde wycinki”. Zatapianie wymaga również dużej świadomości Pracownika w zakresie orientacji wycinka w metalowej foremce, często konieczne jest tutaj wykazanie się podstawową orientacją przestrzenną. W płaszczyźnie krojenia musi znaleźć się pełen przekrój przez wycinek jednocześnie tkankę należy ułożyć tak, by wyeliminować potencjalne skrojenie całej zmiany bez ujawnienia marginesów (jest to nieodwracalne zniszczenie materiału). Wycinki powinny być zatopione na jednym poziomie, równo przylegać do dna foremki. Umieszczone w metalowych foremkach i odpowiednio zorientowane tkanki zalewa się parafiną, przykrywa wieczkiem z numerem badania, a następnie odkłada na płytę chłodzącą do wystudzenia. Po zmrożeniu usuwa się metalowe foremki (są one wielokrotnego użytku), a powstałe  w ten sposób bloczki parafinowe przekazuje się do pracowni skrawania.